1、產生抵菌物質，益生菌在腸黏膜上產生過氧化氫、菌類素和類似抵抗菌素的抵菌物質，從而阻止致疾菌入侵，如有學者發現在腸道中，益生菌產生的代謝產物共軛亞油酸與巨噬細胞表面受體結合能夠抵御結腸炎的發生;
　　2、畜禽益生菌通過產生酸性物質(如乳酸)減低腸道pH值，抵御對酸性環境敏銳的疾原菌的生長;
　　3、益生菌與黏膜上皮結合形成生物膜，降解粘性蛋白(一種細胞間基質糖蛋白，增進惡性瘤的形成)，維持腸道固有菌群，保持腸道內菌群平衡，擠占疾原菌的生存空間，使之不易吸附在黏膜上而被排出;
　　4、益生菌在腸道內產生厭氧環境，抵御致疾需氧微生物的生長，如枯草芽孢桿菌進人蛋雞體內后，短期內迅速繁殖成為優良種群并消耗腸道中的氧敗備，造成厭氧環境，在增進益生性厭氧微生物繁殖的同時，抵御致疾性需氧微生物如大腸杅菌等的生長。
　　5、大量研究結果表明，畜禽益生菌可以加強抗原遞呈細胞(如樹突狀細胞/巨噬細胞)、NK細胞、抗疾活性細胞(B細胞細胞等抗疾細胞的活性，在先天抗疾和獲得性抗疾中發揮作用。