1、抵菌肽：

　　根據芽孢桿菌產生脂肽類抵菌物質的結構及其帶電性質，將其分為環狀陽離子脂肱、環狀非陽離子脂肽和線性陽離子脂肽。

　　其中環狀陽離子脂肽的C末端，被酰胺鍵離子化脂質末端和?；腘末端氨基酸相接。陽離子電荷一般來自24-二氨基苯甲酸殘基(Dab)?；诮Y構的不同又可細分為多粘菌素Polypeptins和Octapeptins。

　　2、菌類素：

　　菌類素是由核糖體合成的小分子多肽或蛋白，對同種近綠菌株的生長具有一定的抵御作用，但對真核胞體沒有抵御作用且沒損害、無抗藥性，很多研究結果表明其能被小鼠腸道中，特定的蛋白酶水解具有一定的安全性，為它們在食品和醫藥中的應用提供了前提。

　　根據水產芽孢桿菌所產菌類素的結構將其分成3類：

　　第Ⅰ類為經核糖體合成翻譯后修飾的羊毛硫菌類素，其結構中含有羊毛硫氨酸這是羊毛硫菌類素越顯明的特點。第Ⅰ類菌類素又分成3種:la具有線性結構，帶正電荷;b具有球形結構帶負電荷或不帶電；le既具有線性結構也具有球形結構。

　　第Ⅱ類菌類素為非羊毛硫菌類素或未修飾的多肽。這種菌類素又可分為4種:Ila片球菌素類Ih由單獨的2條多肽組成的菌類素；Ile沒有前導序列通過See途徑分泌。Id為非片球菌素類的雜肽。

　　第Ⅲ類菌類素為熱敏銳大分子分為溶菌類菌類素(Il)和非溶菌類菌類素(IIb)。菌類素分類系統能為相關的研究提供許多有利的信息，但由于菌類素的多樣性和結構信息的缺乏，使得該分類系統還需要進一步完善。

　　羊毛硫菌類素：

　　有學者從水產芽孢桿菌OSYDF發酵產物中分離出一種分子量為2983Da的羊毛硫菌類素(Paenibacillin)，該菌類素能抵御革蘭氏陽性菌生長，包括某些食源性致疾菌和腐生菌。有學者對Paenibacillin生物合成途徑進行了研究，為該菌類素藥物的生產提供了理論支持。